En 1790, période de la Révolution française, l’Assemblée constituante décide la suppression des congrégations religieuses. Une congrégation religieuse enseignante du quartier Saint Cyprien de Toulouse, Les Dames de Saint-Maur, sont alors dispersées. Après les tumultes de la période, en 1800, l’abbé toulousain François Vincent, entreprend la fondation d’un pensionnat religieux pour jeunes filles. Les ordres religieux étant toujours interdits, d’anciennes Dames de Saint-Maur laïcisées figurent parmi les maîtresses. En 1804, le Concordat, voulu par Napoléon Ier, réconcilie la France avec la religion catholique, les enseignantes prononcent alors leurs vœux religieux.
Nous ignorons où les sœurs et leurs élèves ont été logées entre 1800 et 1827, date à laquelle les statuts de l’Institut du Saint-Nom de Jésus sont officiellement enregistrés. C’est alors que l’établissement s’installe au 8, rue des Régans, où il demeure jusqu’en 1905. Au-dessus du grand porche, l’inscription à demi effacée : « Institut du Saint-Nom de Jésus » est encore visible.
En 1885, la prieure générale de la communauté, Mère Hélène Daguzan, négocie l’affiliation des sœurs à l’Ordre de Saint-Dominique. La congrégation dominicaine et le nombre de ses élèves prospèrent jusqu’à l’heure des expulsions liées aux lois anticléricales de 1905. Un petit nombre de religieuses se réfugie en Espagne, près de Puigcerdá.
Mère Hélène Daguzan consent à tous les sacrifices pour sauver son œuvre : les maîtresses rompent leurs vœux afin de pouvoir continuer à enseigner et abandonnent l’habit religieux. Durant l’été 1905, l’établissement est transféré à l’hôtel Montredon, actuel n°40 de la Grande-Rue Nazareth. L’Institut du Saint-Nom de Jésus prend alors le nom de sa directrice et devient le Cours Bertrand. Les sœurs, surveillées par la police, n’ont plus le droit de vivre ensemble. Seules les quatre sœurs Berniard, sœurs de sang, peuvent continuer à partager une vie commune à la pension. Les autres maîtresses doivent se loger dans de petites chambres du quartier des Carmes.
Après 1905, alors que l’établissement comptait déjà 154 élèves, leur nombre, internes et externes confondus, nécessite un agrandissement. En 1929, l’Hôtel d’Aupias (actuelle cour des maternelles) est ajouté à l’établissement. Les deux hôtels particuliers sont alors reliés grâce à l’acquisition de la Chocolaterie Marcel, ravagée par un incendie en 1926, puis de la « Maison de la Vieille » en 1930.
En 1941, Mme Bertrand se retire. L’établissement conserve son nom jusqu’en 1953, date à laquelle il devient le Cours Saint-Thomas d’Aquin, affirmant ainsi plus clairement son attachement à l’esprit dominicain.
En 1967, une nouvelle carte scolaire est mise en place dans le centre-ville de Toulouse, entraînant la fermeture du lycée. Toutefois, le collège subsiste et poursuit sa mission éducative.
En 1992, une évolution majeure marque l’établissement avec la mise en place de la mixité.
Depuis 2011, les directions de l’école et du collège sont confiées à des Chefs d’établissement laïcs.
